2013年、ある破滅的な出来事によって世界は荒廃し、人類の大半は滅び、地表は汚染された廃墟と化した。生き残った僅かな生存者たちはモスクワの地下深くに逃れ、人類の文明は新たな暗黒時代を迎えた。そして2033年。地下で生まれ育った世代が現れ、メトロの駅に築かれ脅威に包囲された各都市は、生き残りを賭けて戦っている…人間同士で、そして外の世界で待ち受けるミュータントの恐怖と。世界が炎に包まれる直前に生まれ、地下で育った若者・アルチョムは、街から外に出たことはなかったが、ある運命的な出来事をきっかけに、メトロシステムの中核を目指し、迫り来る恐ろしい脅威を生き残った者たちに警告するという危険な任務を遂行することになる。だが、彼らは耳を貸すだろうか？メトロの各派閥が団結することはなく、権力の座やD6地下貯蔵庫にある強力な兵器を巡る抗争が続いていた。地表から人類を永遠に消し去りかねない内戦が巻き起こっている。アルチョムは、地下の奥深くで忘れ去られた地下墓地や地上の荒廃した世界を舞台に、人類の運命を左右する旅に出る。