主人公の日菜子は、足の怪我の後遺症によってバレエを踊れなくなって以来、心を閉ざしてしまっている。日菜子が通う星ノ宮女子高等学校では、多くの女子生徒が学園生活を楽しんでいる。日菜子の前に現れた二人の少女、夕月と来夢。彼女たちと出会うことで、日菜子は魔法少女リフレクターとして戦う魔法の力を手に入れる。異世界には多数の敵が潜んでいるほか、さまざまな試練が待ち受けている。魔法の力でリフレクターに変身し、思い切り体を動かせるようになった日菜子は、「剣」を手に戦う。原種とリフレクターの戦いの先には、どんな未来があるのか。