ペルソナシリーズのターニングポイントにもなった『ペルソナ３』が装いを新たに登場。シナリオやキャラクターなど根幹はそのままに、操作性やグラフィックを一新。主人公は、ある事情で人工島にある高校へ編入することになった少年。学生寮に入居した数日後、怪物の襲撃を受け、図らずも「ペルソナ」という力に目覚めることになる。同じ能力者が集う、特別課外活動部に加入することになり、仲間たちと世界の謎に立ち向かう。